拳皇99是SNK在99年发行的拳皇作品，这次的版本在拳皇系列中首次引用了STRIKER和SUPERCANCEL系统，并增加了爆气发动时候的反击模式和防护模式。反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间，恢复后才能重新集气。

防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻，防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。

拳皇99还在原有的3人模式上增加了4人模式，其中3人为战斗人物，其中一位人物为援护人物。